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針對西醫界的疾呼，衛生署中醫藥委員會隨即做出回應，宣布禁用關木通、廣防己、青木香、天仙藤、馬兜鈴等五種含有馬兜鈴酸的中藥，並註銷含有馬兜鈴酸中藥製劑的五十張藥證，包括補肺阿膠散、治嗽散、運功散等。遭到註銷的中藥製劑即日起必須下架，並在三個月內回收，違者最高可處五年以下的有期徒刑。

不過，衛生署的霹靂行動，卻引起中醫師公會全聯會反彈，他們認為衛生署的禁用決策過程草率，引發民眾恐慌、疑慮，並造成中藥商及中醫院所損失慘重。

中醫師公會理事長林昭庚表示，「藥即是毒」，馬兜鈴酸有腎毒性，和西藥的抗生素、止痛藥有肝、腎毒性相同，這些藥物對某些疾病的療效顯著，只要在藥物包裝上充分說明副作用和標示警語，無損臨床價值。如果衛生署以藥品有副作用為禁用標準，將造成大部分西藥和中藥都無法使用的困境，因此中醫界反對貿然禁用，應以限制使用為宜。

「禁用」、「限用」的爭論尚未平息，幾天後，吳明玲又發表中草藥的肝傷害報告，指出一名一歲多幼兒因罹患神經性纖維瘤服用中藥偏方後，引起猛爆性肝炎死亡，她並表示包括「蒼耳子」在內的一百多種中藥材，都會造成肝中毒，結果再度引發中醫界強烈批判，近百位中醫師前往台北榮總抗議，場面激憤。

一場中西醫專業之爭，雖然在吳明玲表示歉意後暫時落幕，但是有關中草藥的用藥及管理問題卻亟待釐清。

首先，很多民眾對中草藥抱持「有病治病、無病強身」的態度，沒病時也隨意服用，其實只要是藥，就有毒性。其次，目前中草藥流通管理寬鬆，廣播電台、市場都在販賣來路不明的偏方，隨意服用可能造成相當傷害。對此，衛生署除了呼籲民眾切勿購買偏方外，也將成立聯合查緝小組。

馬兜鈴酸事件也凸顯出台灣中西醫長久存在的矛盾與對立。

中國時報社論指出，中西醫體系固然迥異，門戶之隔極深，但對於西醫的研究，中醫不能只是一味抗爭，而必須主動配合，主動出擊。多年前台灣就發生過是否應禁用馬兜鈴酸的爭議，如果當時中醫藥界能對各種藥方進行檢驗分析，並提出使用劑量與安全性的警告，或許不至於落得如今全面查禁的結果。但中醫藥界當時未作任何補救，以至於用藥傷害不斷發生，終於讓中醫藥面臨污名化的危機。

此外，目前台灣的衛生醫療藥物管理，都依照西醫的方式，也難以令中醫界心服。政府應由中醫藥的傳統出發，制訂適宜、有利於病患權益的政策，讓醫學走上「中西合璧、相輔相成」的正途。