1967年9月，方舟子生于福建云霄县（属闽南漳州市）。[5]父亲在法院工作，文革时遭到冲击，被迫回乡避难，隔壁的张姓公安局长救下了方舟子母子。[6]后文革结束，方舟子的父亲任宣判长，宣布张局长为“现行反革命”，“判处有期徒刑十五年”，少年方舟子对此印象深刻。[7]方舟子的父亲后来主管民事诉讼案件，于1990年代初退休。方舟子小学一年级时，就曾写出批林批孔的文章[8]。