下面有人用上帝的存在来类比，实际上这是个很不恰当的例子。
比较恰当的例子我来举一个：外星人的是否存在的问题。
按照方舟子的逻辑，答案很简单：世界上不存在外星人。
但是谁能保证，以后不会发现外星人呢？
爱因斯坦有句名言叫”这个世界的最不可理解之处就这于它是可以理解的"(是否爱因斯坦说的，未考证，但我很认同这句话。)
很小的时候我就很奇怪，人的感觉是怎么来的。再复杂、再高级的纯物质系统，都可以理解；但无论如何我都不能想象纯物质可以衍生出意识、感觉。而这感觉、意识，是每个人都能清清楚楚感觉到的存在。这里马克思的拥泵不要来跟我扯唯物主义的大道理。我都学过，很清楚在这个问题上马克思是一张口就下了论断，而没有任何论证的。）
总之，意识是什么，意识和物质的关系，以人类目前的认知水平下，还是个迷。现在的大脑科学、神经生物学，可以说连门都没有摸到。而日常里人们说灵魂，实际上就是对意识存在的一种通俗说法。承然，说灵魂/意识是独立于物质的另外一种存在，目前科学上是没有证据的，是不科学的。但同样的，说灵魂/意识一定不存在，世界上一定只有物质，也是不科学的。现在没有发现，不代表将来不会被发现。方舟子自己前几天也转了科学家寻找“上帝粒子”的科普知识。那么我们可以现在就武断地说，这个世界上没有“上帝粒子”吗？