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12月27日，微远基因实验室组装出了接近完整的病毒基因组序列，数据同时也共享给了中国医学科学院病原所。“基本可以确认这个患者的样本里面确实有一个跟Bat SARS like coronavirus类似的新型病毒。”12月27日、28日，该公司领导跟医院、疾控（部门）电话沟通，29日、30日甚至亲自去武汉跟医院、疾控中心领导当面汇报交流所有分析结果。

1月3日，上海公共卫生临床中心张永振教授团队收到来自武汉市中心医院的样本。1月5日凌晨，从样本中检测出一种新型SARS样冠状病毒，并通过高通量测序获得了该病毒的全基因组序列，证实武汉新型冠状病毒是历史上从未有过的。上海公卫中心当日立即向上海市卫健委和国家卫健委等主管部门报告，提醒他们新病毒与SARS同源，应是经呼吸道传播，建议在公共场合采取相应疾控防疫措施。

一位基因测序公司人士透露，2020年1月1日，他接到湖北省卫健委一位官员电话，通知他武汉如有新冠肺炎的病例样本送检，不能再检；已有的病例样本必须销毁，不能对外透露样本信息，不能对外发布相关论文和相关数据，“如果你们在日后检测到了，一定要向我们报告”。

1月3日，国家卫健委办公厅发布了一份名为《关于在重大突发传染病防控工作中加强生物样本资源及相关科研活动管理工作的通知》。这份国卫办科教函（2020）3号文规定，针对近期武汉肺炎病例样本，各相关机构应按省级以上卫生健康行政部门的要求，向指定病原检测机构提供生物样本开展病原学检测并做好交接手续；未经批准，不得擅自向其他机构和个人提供生物样本及其相关信息。至于哪些机构属于“指定病原检测机构”，文件并未提及。有病毒学家透露，甚至中科院武汉病毒所都一度被要求停止病原检测，销毁已有样本。