1992年，日本的農林水産省的「有機農産物及び特別栽培農産物に係る表示ガイドライン」里的定义是：「化学的に合成された肥料及び農薬を避けることを基本として、播種または植付け前2年以上（多年生作物にあっては、最初の収穫前3年前）の間、堆肥等による土づくりを行ったほ場において生産された農産物」

大概的意思就是，不使用化肥和农药的农作物。
所以，有机食品和是否转基因无关。从现状来看，既然转基因的有利于少用农药甚至不用农药。那么“有机食品”等同于“转基因食品”的日子不远了，我们应该大力支持，为什么要反对？

在日本也有个“日本有機農業研究会”，这个非政府组织的“有机农作物”的定义里面倒是有要求“非转基因”的。但是这个组织显然太极端了。他们甚至要求“その地域の資源をできるだけ活用し......”。比方说某个村养牛不养猪，那么就用自己村的牛粪不能用别的村的猪粪。
极端组织的言论就不必当真了。