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2005年9月间，几个人陆续投稿新语丝揭露科学院院士候选人肖传国有学术不当行为。
9月21日，方舟子在《北京科技报》发表《脚踏两只船的院士候选人》，对肖做了系统的揭露，主要论点是：
1. 肖当时在纽约大学有全职职务，不符合院士要求
2. 肖自称在纽约大学的“副教授”职称不确实，纽约大学网站一直是“助理教授”，后来改为“临床副教授”
3. 肖简历中称1982年以来发表26篇英文论文，实际只有4篇，其它只是会议摘要
4. 肖简历中称曾获得“国际神经泌外最高奖”并列了两个奖项。其中一个只是会议摘要奖，另一个是大奖，却在历年获奖者名单中找不到肖的名字
5. 肖自称有一项国际公认的“肖氏反射弧”成果，是“外科领域里仅有的几项以中国人名字命名的手术原理”。检索结果除了肖在一次会议上的报告以外，没有任何地方提及“肖氏反射弧”、“Xiao's Reflex Arc”或者“Xiao'sProcedure”。（注：这是4年前的事，现在倒是有许多新闻了。）
2005年10月，肖在武汉分别起诉方和发表方文章的报纸和网站（报纸和网站后来陆续与肖庭外和解）。
2006年6月8日，肖发表公开信攻击方
2006年5月，傅新元等120生物学家发表公开信，呼吁不能在公开媒体上做科技打假。
2006年7月31日武汉江汉区人民法院一审判决，方败诉。判决书中出现一些“经典”字句：
“本院认为：首先，国际期刊应当是在国际上公开发行的期刊，包括中国在国际上公开发行的期刊，而不是国外期刊。被告方是民关于国际期刊系国外期刊的说法错误。”
“被告方是民在历年获奖者名单中没有找到原告的名字不能否认原告获奖的事实。因此，原告曾获得美国泌尿学会学者奖奖项的事实成立。”
“本院认为：原告的‘肖氏反射弧’理论，在国际上有获奖证书，国内有鉴定结论和获奖证书，国内教科书亦曾引用其理论，原告的‘肖氏反射弧’理论是客观存在的。被告方是民在网上搜索不到‘肖氏反射弧’，不等于‘肖氏
反射弧’不存在。被告方是民认为“肖氏反射弧”在国际上毫无影响、国内专家没有得到认同的评论不能成立。”（注：国内教科书指的是肖的导师写的一本书。）
同日，一份“海内外学人”支持方舟子的公开信征集签名，签名过百，陆续达到500余人。
2006年9月5日，肖在北京再次起诉方
2006年9月7日，当时在美国西北大学的饶毅教授发表《对肖传国起诉方舟子一案的意见书》，语言激烈，痛斥肖。
2006年9月8日，庆承瑞教授（何祚庥妻子）发表公开信支持方舟子
2006年11月6日，何祚庥等人在国内筹办科技打假基金
2006年11月-2月，肖在美国纽约起诉饶毅、方舟子和新语丝。（饶毅后来回国，案子由他的保险公司与肖和解）
2006年11月，“中国科学与学术诚信基金会”在美国成立。此时方舟子不仅面临肖传国诉讼并同时被西北翻译学院院长丁祖诒和“八卦宇宙学”的诉讼。
2006年11月29日，美国Science杂志报道方舟子处境
2007年3月，肖传国与丁祖诒合流，公开通过律师所向签署支持方舟子公开信的人发出恐吓
2007年3月15日，武汉中级法院终审维持一审判决，方舟子宣布将不服从判决要求的道歉和交罚款。（大约同期，方舟子在国内法庭其它案件上也接连败诉，采取同样态度）
2007年5月28日，北京第一中级人民法院判决肖传国败诉，同样案件，武汉北京判决大相径庭
（两年之后）
2009年8月，肖传国在网上声称已经收到方舟子的罚款。方舟子才发现在丝毫不知情的情况下他妻子的银行帐号已被武汉法院花去一笔钱。方舟子与妻子结婚前便签有正式条约财务分开
2009年9月，武汉法院驳回方舟子的申诉，认为夫妻间的协定必须事先在对方之情的情况下才有效。方舟子在此后所有批评他人的文章篇头都加一声明，告知对方此协议
2009年10月27日，《科学新闻》发表文章《谁来评定肖传国》，是国内媒介首次披露“肖氏反射弧”的有效率不是肖本人宣称的那么高，而且副作用很严重。文章并透露以下几点：
1. 肖的成果鉴定会参与者根据不存在的“国际影响”来判断价值，突出打假之必要性
2. 同行评议没法进行，肖传国基本上是一个学霸
3. 有效率没有第三方的数字
4. 法院判案的随机性
2009年11-12月，《科学新闻》和《北京科技报》陆续发表文章调查并质疑“肖氏反射弧”的有效率和病例
同期，律师彭剑宣布将协助手术受害者索赔
2010年2月24日，新语丝同人发表公开信质疑“肖氏反射弧”手术。信件送交美国的一些有关的科研机构和网上论坛
2010年8月9日，美国Beaumont医院的“肖氏反射弧”临床试验结果在美国《泌尿学》杂志发表，该刊同时刊载同行的严厉批评
2010年6月24日，记者方玄昌遇袭
2010年8月29日，方舟子遇袭
2010年9月20日，肖传国被拘捕