1. 你如果把“干预科学”的一切正面活动都定义成“科学内部的事”，那自然就没有“外部干预科学”的正常活动。
这不是我的“定义”，而是事实如此。
有很多反科学的论点都认为“外部干预科学”正常且必要，例如出于“伦理”或宗教的理由禁止克隆人、转基因研究，以及禁止动物实验等等。
经费分配或金钱资助的方向性决策往往不是科学家做的，科学家只是在指定的方向里帮着确定具体的项目或人选。
离开科学家的主张，科学以外的人（例如议会）不可能知道如何决定“经费分配或金钱资助的方向性决策”。例如中国的十二年发展规划是由科学家讨论制定的，西方议会讨论是否拨款搞大型回旋加速器也还是科学家先提出要求才可能讨论。
2. 科学不论善恶，科学的应用当然需要道义。这个是不争的事实。非得把科学美化成善的化身，没有必要。
如果所有人都同意“科学不论善恶”，反科学的种种谬论就不会产生。现在中国的科学哲学家们还在说：科学一定会灭绝人类，但是谁研究慢了谁先灭绝。
“有核国家之间没有发生战争”说明不了科学的善，而且是个错误的判断。仅仅是到目前为止没有大规模的战争。其实大多数无核国家之间也没有发生战争，而且日本人民永远不能忘记一个有核国家对一个无核国家的打击。
原文的目标不是说明“科学的善”，而是指出“科学的恶”的论证不符合事实。印巴的例子足以说明有核对于制止发生战争的作用，而日本的例子是战争已经发生之后才有核的，是核结束了战争。