关于梁思成保护京都免于盟军空袭说法目前尚存争议，日本《朝日新闻》记者古谷浩一经过调查后表示，“虽然很难断定京都奈良免于轰炸就是因为梁思成的建议，但他的建议对中日之间意义重大。”

另据战争史研究第五期报道，当时美国曼哈顿工程负责人格罗夫斯上校（Leslie Groves）将由战略航空兵参谋长诺斯塔德准将（Lauris Norstad）拟定的即将被原子弹轰炸的日本城市的最终名单（小仓，京都，广岛，新泻）提交给马歇尔将军时，遭到了陆军部长史汀生的反对，史汀生在做菲律宾总督期间多次到过京都，对这座优雅美丽的城市感情很深。史汀生称，京都对日本人民有巨大的感情价值和宗教意义，将其毁灭将对战后管理日本带来很大困难，格罗夫斯则坚持京都是最有价值的目标，因为别的日本城市大多已遭空袭破坏，大量人口和设备迁往京都，京都已是日本战时最重要的兵工生产中心，是拥有100万人口的巨大工业城市。史汀生后来直接找马歇尔陈情，马歇尔则不置可否，他觉得京都即使不用原子弹轰炸，几个月后也会用燃烧弹和高爆弹轰炸。最后史汀生找了杜鲁门总统，劝说他划掉京都的名字，同时将其保留在禁止轰炸的城市名单上。