2000年陈丹青回国在清华大学执教。回国担任清华大学博士生导师。
　　2005年3月，因不满现行的高校教育体制，愤然辞职，离开清华，回归他曾经生活过的艺术家自由的日子。
　　2011年3月，在浙江大学东方论坛第67讲：周令飞、陈丹青：《令飞与丹青谈鲁迅》讲座中被“强聘”为浙江大学人文学院艺术系荣誉教授