◇◇新语丝(www.xys.org)(xys.dxiong.com)(xys.3322.org)(xys.xlogit.com)◇◇ 回复东郭女士,以及询问诸位网友是否恢复信心? 天行健 今天大家都注意汉芯和120去了,找俺质疑的网友大大减少。东郭女士找俺商讨一些疑 问,在这里俺还想与东郭女士较深入地探讨一下。 东郭女士网友提出:“小女子我和其他朋友也都指出过,仅仅依靠分子量的大小是无法 确定蛋白质ID”。呵呵,这在现代蛋白质组学研究中是不错的,因为在没有候选蛋白的 情况下,我们很难凭借分子量信息猜出它至少包含了什么蛋白。但是,魏等在其NM文章 中也写明了他是依据分子量信息猜测可能代表了VEGFR2和Integrin alpha v(原文为: At least two bands with molecular sizes of 220 and 130 kDa had sizes similar to those of the known angiogenesis-associated molecules vascular endothelial growth factor receptor (VEGFR) II and αv integrin.),然后,他通过重组蛋白的 ELISA和合成肽的ELISA证实了免疫血清确实可以与VEGFR2和Integrin alpha v反应,从 而鉴定出两种可能发挥了作用的抗原,并再次采用合成肽来验证了这两种抗原确实可能 参与了异种细胞免疫所产生的抗肿瘤作用。所以,魏等已经说明,他们是根据已有的信 息假设然后再验证的(类似证明中的穷举法)。然而,为什么会猜测地这么准呢?其 实,您如果读过俺的“对NM一文的看法”的话不难发现,俺分析过,异种细胞免疫首先 激发的是内皮细胞异常表达的蛋白,而每一个熟悉抗血管治疗的研究者在提到活化的 HUVEC的异常表达蛋白时,第一个想到的就会是大名鼎鼎的VEGFR2,其次是Integrin家 族的成员。至于魏是否经过尝试才确定为Integrin alpha v,俺不知道,但魏等在文中 报道采用商业抗体检测了活化的HUVEC的VEGFR2和Integrin alpha v的表达(我想,实 际过程中实验可能是倒着做的,先拿一些已报道的常见相关分子筛选活化的HUVEC,然 后再去猜那些带可能代表了那些蛋白),证实为阳性,因此,猜测是有根据的。至于为 什么没有去猜测30KD的带,呵呵,到目前为止,俺都没有见到分子量约30KD的,且 HUVEC表达的在肿瘤血管形成过程中发挥重要功能的分子的报道,难道您真的要魏等用 穷举法去猜啊。其实,俺都在以前的文章中讲过了,魏等绕过质谱鉴定,而以公开的重 要相关分子的分子量信息猜测,并在后继实验中证实。您提到的“司先生问:魏得到的 免疫血清应该是含有多克隆的抗多种蛋白的抗体,但为什么只主要识别2种蛋白质分 子?”首先明确,魏等的报道未曾指出其免疫血清主要识别2种蛋白质分子(原文中没 有一句话反映了类似说法,而且,原文中最后提到:“The other four bands on the western blot were difficult to match to sizes of known angiogenesis-associated molecules. molecules. Whether they belong to new angiogenesis-associated molecules for cross-reaction must be explored further.”),另外,更值得指出的是,能够产生生物学功能的抗体,多数还是属于非 连续表位的抗体,所以俺在俺的“NM一文看法中也提到:魏等是幸运的”。因此,对于 WB中的那几条带来说,它们仅仅是代表了一部分抗原表位,即连续抗原表位,至于非连 续抗原表位(空间构象表位,关于表位问题我还将在以后的文章中继续与诸位网友探 讨)的抗原的数量,俺不敢妄测,但以俺的知识认为至少应该多过连续表位。还有,您 关于“就是cross link后的抗原产生抗体的滴度会很低”我是同意的,其实从免疫血清 WB时1:100的工作浓度也可见一斑。接下来您提到的“我是否可以推测,用这样的方法 将得到一些丰度比较高的膜蛋白的抗体,相应特异性也就比较高。”我也同意,但应在 膜蛋白前面加一个定语:异常表达的。因为小鼠的免疫系统不可能对所有蛋白产生的免 疫反应强度是相同的,这涉及如何突破外周免疫耐受的问题,这提示,越是在正常成体 内表达总量(尤其是在优先接触血液的组织器官的表达量)越低的蛋白,越可能优先激 活免疫反应,就如我们所知的那样,即便是外源蛋白,血浆中的可溶性因子(作为功能 性的蛋白,蛋白结构、序列相对来说更为保守)一般是最难产生抗体的。至于您提到的 Okaji和Corsini的报道,我想指出的是,作为一个免疫反应,您认为在免疫用的抗原发 生显著变化的情况下(Okaji使用鼠肝窦内皮细胞,Corsini使用牛大动脉内皮细胞,魏 等使用人脐静脉内皮细胞),您认为有可能这些免疫反应产生相同或非常类似的抗体谱 型吗(抗血清中高丰度抗体识别的抗原种类相近?)?呵呵,显然每一个免疫学者都会 认为这种可能性非常非常小的。如果您仔细看一下俺的原文,可以发现,您所提到的我 的两个理由是在解释其抗血清免疫反应相对特异性的变化和为什么会激发可被观察的细 胞免疫反应。至于您的下一段,俺不敢说俺的查询是彻底的,但俺确实没有在此之前看 到相关报道,如您有相关资料,可告诉俺。 另外,俺想问一下不做学术做工业网友,兄台的4)所述的到底是指什么?俺照着兄台 所述做了一遍,并为发现什么可疑之处啊(呵呵,俺可是调过量度对比度的)。不知兄 台是不是指未旋转时水平方向亮度基本相同,而旋转后水平方向(原图的垂直方向)中 间有一大块深色区域。俺不知兄台是否是从事生物学研究的,不过,这种现象在 Western blot中是非常正常、非常常见的,不信兄台可咨询几个做过WB的朋友,大多数 WB的中心地带背景都会偏深,而发表的膜照片肯定是裁去了左右两边的条带的(例如 marker)。如果不是俺所述的现象,兄台可否给俺点更明确的提示。另外,除非是恶意 的指控,否则,俺不赞成将指控者告到法院,这样实在有侵害学术自由的嫌疑,例如, 美国PHS的政策是如经PHS规定的途径指控,指控者是免责的,即使最后指控不成立,被 指控者也不能告指控者的。 还有,俺想问直白网友一下,难道您看到一个图似乎有点不对劲就要提出造假指控吗? 是不是应该先确定一下。另外,您提到的俺想不想看看魏先生的记录。嘿嘿,说心里 话,俺倒是真想看看他们免疫小鼠的固定细胞用量到底是多少,好跟俺心中估计的量对 比一下,看看俺估计的准确度如何。另外,俺对你的没有看过原文也可以质疑作假的观 点实在不敢苟同,好歹看一遍吧,要不岂不是鹦鹉学舌?这个观点在逻辑上站不住脚。 最后,俺想说的是,要是魏先生对委员会拒绝提供原始数据,俺就要站在你这边了,老 兄可以跟俺一样好好等等,事情总会水落石出的。 最后,俺想再跟猪头看世界老弟谈几句,虽然老弟说俺不用再回复他了,可俺觉得老弟 其实是挺可爱的,那俺总还可以谈点别的吧。老弟在上篇文章中的关于交大陈进的直觉 刚过了4天就被证明是错的了。俺想对老弟的寄语是,要对我们生活的国家有信心,一 切都会好起来的。咱们虽然是一介草民,但是所有的一介草民都为这国家的发展进步而 努力的话,力量也是无穷的。看看我们的经济,看看我们近年来的外交,难道你会对我 们的国家丧失希望吗?诸位网友,昨天教育部的重拳出击,今天的汉芯处理结果,难道 不值得各位恢复我们对国家惩治造假的信心吗?汉芯案已经沉寂好一段时间了,可是最 后我们的国家没有让我们失望,诸位也可以耐心地等待司魏之争最终获得公正、科学的 解决,我们在最后也有监督权的。最后,俺还是要说,天行健,君子以自强不息。无论 大家在这里怎么争论,但下来后都应该以自强不息的精神实实在在地为我们的国家尽一 份力,俺鄙视一切以悲观情绪或其他借口放弃为我们的国家尽力的人。 呵呵,又天色已晚了。以后俺还会继续发表俺对魏的多肽表位的分析,望诸位网友指 正。 (XYS20060513) ◇◇新语丝(www.xys.org)(xys.dxiong.com)(xys.3322.org)(xys.xlogit.com)◇◇