从我这个外行阅读理解来看，阐述似乎有些问题。
提出来，也许懂行的人可以澄清。
我原来从科普得来的观念就是那个医生鼓吹的，饱和脂肪酸和不饱和脂肪酸要平衡摄入。现在阅读方舟子的文章，希望弄明白为什么这个观念不对，但是阅读之后没有完全被说服。
首先，如果人体生理活动“需要”饱和脂肪酸，那么强调人体自己可以合成，不“必须”从食物摄入（也就是食物中的饱和脂肪酸不是“必需”的），直观说，还不成为不宜摄入的理由。人们甚至可以问，直接摄入，不是可以减轻人体合成负担吗？这当然可能是个外行问题，但作为科普的读者，这样问完全正常。
其次接着说“可见食物中的脂肪酸大部分是人体不需要的”（这个“大部分”，按前后文是指不饱和脂肪酸），这个话有点不周全了。按文中介绍，人体生理活动明明是“需要”饱和脂肪酸的，只是“不必”依赖食物源而已--食物源不是“必需”的。这里关键还是没有回答，为什么能自己合成就一定是自己合成为好，而不是从食物摄入“减轻合成负担”为好？即使这可能是个错误的问题，但也是先澄清了往下才好说些吧？
相关的一个外行问题：人体自己的合成功能，是不是可以自我调节的？在自我调节良好的状况下，是否多摄入少摄入一些饱和脂肪酸并没有关系，还是有很大不同？
作者确实是把减少不饱和脂肪酸摄入的原因留在下面讲了：胆固醇。但是到此为止的行文令人感觉有点跳跃，局部不严谨。
在胆固醇部分，叙述也有些费解。从行文我理解到，胆固醇和所谓好胆固醇坏胆固醇是两个概念。前者就是胆固醇本身，而好胆固醇（HDL）是高密度脂蛋白，坏胆固醇（LDL）是低密度脂蛋白，都是胆固醇的载体。坏胆固醇（LDL）的所谓坏，也只是相对的，当多于好胆固醇的时候，有来无去，就沉积了。那么降低LDL的相对水平，达到胆固醇进出血液的平衡，或清理前面的沉积，应当是目标。
但是降低胆固醇的摄入有什么帮助呢（比如少吃蛋黄）？胆固醇是人体生理活动所需要的，是不是人体不能根据摄入调节，所以少摄入为佳？是不是多摄入一些也有好处，当人体自身合成能力不够的时候，比如我看到文章说儿童需要较多的胆固醇摄入，不知对不对？----还是那个人体调节的问题。
顺便说，美国药厂作降胆固醇药的广告中有一句话，人体的胆固醇90%都是自己合成的，10%来自食物，所以如果你真的血中胆固醇回收有问题，注意食物是远远不够的，要看医生吃药！那么这个逻辑似乎也就是说，如果你的人体代谢没问题，你多吃一点少吃一点胆固醇，其实也影响不大，主要在于人体合成的量。
而按照文章，摄入胆固醇的问题和摄入饱和脂肪酸似乎没有什么相关，至少文中没有清楚论述。那么还是回到饱和脂肪酸的问题。按文章，
“食物中的饱和脂肪酸和反式脂肪酸能促使身体合成更多的胆固醇，而不饱和脂肪酸却会降低血胆固醇的含量。多不饱和脂肪酸会同时降低“坏”胆固醇和“好”胆固醇的含量，而单不饱和脂肪酸在降低“坏”胆固醇含量的同时，却不影响“好”胆固醇的含量。”
前面已经分析，按行文，胆固醇和”好坏“胆固醇不是一个概念，后者是脂蛋白，胆固醇的载体（或者说是载体加胆固醇）。那么上面这段行文是把两层意思混在一块说了。绝对量和在任一绝对量上的平衡，是两层意思。胆固醇的绝对含量增多，即使在HDL和LDL平衡的情况下，是否还是不好？胆固醇的不能足够送回肝脏，是否可以由降低其输入的绝对量来解决？对于成年人来说，胆固醇输入绝对量应当在什么水平？是否目前一般生活条件下绝对量已经大大超过需要，所以要尽量减少？
总之我感觉，这篇文章可能道理是对的，但是叙述说服力还不足。